Gul näckros förekommer i de flesta sjöar och tjärnar och växer främst i lugnare partier där den rotar sig i dybottnar. Den blir mest frekvent i rikare sjöar och vattendrag men brukar däremot saknas i dystrofa myrtjärnar. Den växer ofta tillsammans med vit näckros men föredrar något rörligare vatten och finns också på mer utsatta och vågsvallade stränder, t.ex. utanför branta, blockiga strandavsnitt. Dessutom finns gul näckros i älvar och åar, där den är vanlig i lugna avsnitt men inte så sällan även i strömmande vatten. Ibland hittar man den t.o.m. i djuphöljor i små skogsbäckar. I sjöarna växer gul näckros på relativt djupt vatten, på bottnar som inte fryser. I strömmande vatten växer den även grundare och då på fasta mineralbottnar. Den förekommer även i den inre kustens brackvatten, t.ex. i Sundsvallsbukten. Vid Njurundakusten växer den även i gungfly i avsnörda småvatten. Ibland kan den ses i mindre fiskdammar och liknande, där den tycks gynnas av eutrofiering.