Gaffelbräken växer på torra, vanligen sydvända klippor och hyllor i berg. I väster är arten bunden till de varma stora sydbergsbranterna, men i kustlandet kan man även hitta den på små bergknallar och hällmarker. Den växer i sprickor i lodytor, men sitter ofta mer solexponerat än svartbräken A. trichomanes. På mindre hällmarker kan den också ses i horisontella rader i klippkanterna, då ofta tillsammans med hällebräken Woodsia ilvensis. Arten har ansetts vara kalkskyende och tydligt föredra sura silikatbergarter. Hos oss tål den dock att växa såväl i diabasbranter som på kalkförande klippor på norra Alnön, t.o.m. tillsammans med den kalkkrävande murrutan A. ruta-muraria.