Smånunneört är en av de allra tidigaste vårväxterna och solvarma vårar kan den ses blomma redan i mitten av april. De små blågröna bladen gömmer sig bland löv och förna i rika al- och hägglundar. Den visar sig bara under några få veckor och när sommaren står för dörren är den redan bortvissnad. Arten är gynnad av näring och kalk och har sina största förekomster på mulljordar inom kalkområdet på norra Alnö och längs kusten i Hässjö och Tynderö. Där kan massbestånd utvecklas i strandbården före lövsprickningen. I detta kärnområde finns den även mer öppet i ängskanter och beteshagar eller bland multnande fjolårsrester av högörter som nordisk stormhatt Aconitum lycoctonum subsp. septentrionale och älggräs Filipendula ulmaria. Smånunneört finns också i lövlundar vid kustnära bäckar men då på torrare ytor; den går inte ned i djupa, fuktiga raviner.
Särskilt mot sin utbredningsgräns inåt landet kan den dyka upp i små isolerade förekomster i torra, varma brinkar eller under mer eller mindre kulturpåverkade bergknallar eller i sydberg. Utpostlokalen i norra Liden utgjordes av en torr öppen kant i nedre delen av en krång; också sedd på naken mulljord under en solitär hägg på en gräsmatta i Tuna och på en gammal myrstack i Alnö.
Mnemosynefjärilens (Parnassius mnemosyne) larv livnär sig på smånunneört. Denna fjäril har i Sverige sin största förekomst kring Klingerfjärden.