Harmynta är troligen en gammal kulturföljeslagare som kommit in med tidigt jordbruk men arten kan också vara naturlig i klippängssamhällen längs kusten. Harmyntan angavs först av Göran Wahlenberg som såg både harmynta och bergmynta vid Grinduga 1810 (»ängsbackar, ½ mil N om Harnäs«). Den uppgavs förekomma flerstädes i Gävletrakten vid 1800-talets mitt. Växten har sannolikt minskat genom igenväxning av gamla slåtterängar och betesmarker.
Harmyntan är kalkgynnad men växer på några ställen på kalkfattig sand på åsar i odlingslandskapet. Art-en har också hittats på industriområden och på några andra oväntade växtplatser med grov stenfyllning. De mest typiska lokalerna är solexponerade klippor av diabas, gabbro, kalk eller andra basiska bergarter. Arten ingår också i den artrika örtbacksfloran på kalköarna i Gävlebukten som formats av tidigare fiskarjordbruk.
Den slår ofta följe med andra kryddoftande och solälskande växter som kungsmynta, bergmynta, malört och äkta johannesört. De vanligaste följeslagarna är dock gulmåra (31%), gråfibbla, röllika, femfingerört, gul fetknopp och sandnarv. Harmyntan börjar blomma med gullviva och konvaljer och blommar fortfarande med rosor och linnea.