Vattenmåran är ursprunglig. Den anges som allmän i alla tidigare arbeten.
Vid havet är den mycket vanlig och växer både exponerat bland stora block och skyddat i utsötade vikar och strandängar. Även vid sjöar och vattendrag finns arten på de flesta strandtyper, t.ex. på flytande gungflyvassar runt näringsrika vikar, bland blockrevlar i forsar och på sand- eller dystränder vid större sjöar. Arten växer även i blöta kärr och tycks kunna lokalisera alla små våtmarker och blöthål ner till vattenfyllda traktorspår och rotvältor. I skogen förekommer vattenmåran mest i sumpskogar, t.ex. alkärr och i anslutning till diken och stränder.
De vanligaste följeväxterna på havsstränder är fackelblomster (51%), strätta och rödsvingel. På myrar är kråkklöver (53%), vattenklöver och kärrsilja vanligast och i skogen älggräs (45%), kärrviol, klibbal och kabbleka. Vattenmåran börjar blomma samtidigt som linnea, grässtjärnblomma och vitmåra.
Varieteten baltisk vattenmåra, var. balticum, har inte uppmärksammats under inventeringen. Den är dock anträffad på åtminstone tre lokaler i sen tid. Den först kända lokalen är Esköns östra kust i Hille där den påträffades av Karin Apelgren 1984 (belägg i UPS). Ytterligare två lokaler har hittats av Göran Odelvik – Limön i Gävle 1999 och grusstenstrand i Dalälven vid Hamre i Österfärnebo 2001 (båda belagda i S, !ThK). Den vanligaste formen är vanlig vattenmåra, var. palustre.