Kärrknipproten är ursprunglig. Den angavs vid 1800-talets mitt, först som sällsynt i Gävletrakten och senare (1863) som flerstädes förekommande. Totalt finns åtminstone 30 tidigare kända växtplatser. Det först angivna fyndet är från en fuktig äng på Eskön (Östermyran) och signerat Carl Johan Hartman och Claes Östling 1810.
Arten har minskat och försvunnit på många lokaler. Viktigaste orsaken är igenväxning efter upphörande hävd av stränder och våtmarker. En allmänt ökad näringsbelastning har säkert påskyndat förloppet.
De vanligaste följeväxterna är vattenklöver (43%), hirsstarr, näbbstarr, blodrot, vass, blåtåtel och ängsnycklar. I blötare delar ingår ofta axag, tagelsäv och ibland gulyxne. Vid havet växer kärrknipproten mest i övergångar mellan rikkärr och havsstrand. Det är mycket sällan man hittar arten på stränder utan sötvattensutflöde. Växten kan också etablera sig på kulturmark i kalkrika grustag med grundvattenkontakt eller på varaktigt öppna fuktiga industriytor av kalkkross eller kalkslam. Kärrknipproten är hävdgynnad och missgynnas starkt av igenväxning med tät vass, pors, al och andra vedväxter eller högörter. Kärrknipproten blommar före skogsknipproten men samtidigt som brudsporre och stor blåklocka i början av mjölkörtens blomning.