Ålnaten är flerårig. Nya skott bildas från övervintrande delar av jordstammen. Den förekommer vanligen i små bestånd på en halv till två meters djup – i brackvatten ner till tre meter och i sötvatten ibland bara på några decimeters djup. Arten växer mest i större vatten och trivs inte i skogens brunvattentjärnar. Växten är annars ganska oberoende av näringsnivåer och trivs såväl i steniga näringsfattiga klarvattensjöar som på dy och lerbottnar i näringsrika slättsjöar. Ålnaten är vanligast i brackvatten och växer här i skyddade vikar och fjärdar med mjukbottnar. Den kan också växa på hårdbottnar av sand och grus eller mellan större block. Mer ovanliga växtplatser är större svagt strömmande vatten och kulturskapade miljöer som kanaler.

Arten är säkert något förbisedd eftersom den inte syns på vattenytan. Ändå är det oklart varför växten är så ojämnt spridd.
Mindre vanlig (40% och 182 noterade lokaler), längs kusten vanlig (90%).