Rostnate är en ursprunglig vattenväxt. Den angavs förekomma flerstädes i Gävletrakten vid 1800-talets mitt. Ytterligare fynd har senare rapporterats från spridda delar av landskapet. Det går inte att bedöma om arten ökat eller minskat och troligen är den ganska oberörd av sentida miljöförändringar.

Rostnate är vanligast i lugnflytande eller svagt strömmande vatten i småbäckar och diken. Ofta växer den i täta mattor på sand- eller dybotten på några få decimeters djup. Den förekommer såväl i näringsfattiga orörda skogsbäckar med klart vatten och lågt pH som i grumligt näringsrikt vatten i åkerdiken eller större skogsdiken. Siktdjup och näringshalt tycks därmed inte spela någon större roll. I större vattendrag är arten ovanligare och ersätts ofta av gräsnate. Rostnate förekommer i mindre bestånd också i sjöar, bland annat i näringsrika grunda laguner i vassarna.

Vanliga följeväxter är svalting (33%), mannagräs, topplösa, sjöfräken, flaskstarr och gul näckros.