Knäroten är ursprunglig. Arten omnämns första gång-en 1810 från Hillevik och Eskön, »på mosslupna ställen« (Hartman & Östling ms 1810). I Gävletraktens växter anges den först som sällsynt och åtta lokaler namnges. I den senare utgåvan 1863 finns inga lokaler angivna och växten konstateras förekomma flerstädes. Det finns ingen uppgift om hur vanlig växten tidigare varit i landskapet som helhet. Sannolikt var den vanligare förr.
Knäroten är en anspråkslös barrskogsväxt som växer i mossig blåbärsskog av tall eller gran. Arten behöver ett tjockt moss- och humustäcke som jordstammen kan krypa i utan risk för uttorkning. Av denna anledning är den känslig för brand och vanligast i gammal skog. De yngsta skogar som den regelbundet hittats i har varit omkring 60 år. Undantaget är ett 40-årigt bestånd i en trakt med mycket gammal skog vid kusten. Knäroten trivs bäst i klassisk, gles »John Bauer-skog« med mossklädda block och kullar. Arten har svårare att hävda sig bland tätt blåbärsris och örter. Den trivs inte heller i lövskog och bara vid något enstaka tillfälle har den setts i lövrika bestånd. Troligen tål den inte att bli täckt av nedfallande löv. Knäroten kan växa i gles skog i branter och klipphyllor i skuggiga lägen och någon gång även i myrkanter. Växten är i alla avseenden avvisande till kulturen – den tål inte kalavverkning och gödsling och växer inte ens längs gamla skogsvägar.
De i särklass vanligaste följearterna är väggmossa, husmossa, kammossa och andra skogsmossor men bland kärlväxterna är blåbär (76%) vanligast följd av lingon, gran, linnea, kruståtel, ekorrbär och skogsstjärna. Knäroten blommar samtidigt som gullris, gulmåra och skogsknipprot. Normalt torkar en stor del av blomstänglarna bort. Rikligast blommar den under regniga somrar. Den mossbelupna barrskogen lyses då upp av knärotens vita ljus. Blomningen varierar avsevärt mellan olika år. 300 kloner som följdes av Lars Ericson under 12 år i östra Gästrikland varierade mellan totalt 60 och 2590 blomstänglar (Ståhl 2012).