Skavfräken sprids till nya platser med vindspridda sporer. Den lokala tillväxten sker istället med underjordiska utlöpare. Många skavfräkenbestånd är troligen kloner från ett gemensamt rotsystem som kan vara mycket gammalt. Arten kan växa både torrt och fuktigt och helt öppet eller skuggigt i sluten skog. Skavfräken finns i många olika skogstyper. Kontrasterna är stora mellan favoritbiotoperna torr mager tallskog på isälvsavlagringar och kalkrik sumpgranskog med klibbal och ask. Troligen är trädskiktets sammansättning av underordnad betydelse. Det är markförhållandena och grundvattnets läge och rörelse som är avgörande. På kalkrik mark har skavfräken ett bredare register än på kalkfattig mark där den i huvudsak är knuten till sandavlagringar med rörligt grundvatten. På kalk finns den bland annat i ädellövskog, hassellundar, strandskogar och örtrika granskogar. I kalkrik sumpskog bildar arten ofta kompakta bestånd som inte lämnar utrymme för annan undervegetation. Skavfräken växer också i rikkärr, men alltid på fastmattor i delar med grundvattenutströmning och aldrig så tätt som i sumpskogen.