Havsnajas är en ettårig vattenväxt. Han- och honplantor är åtskilda men honplantor uppges kunna sätta frukt även utan närvaron av hanar. De hårdskaliga fröna gror lättare efter viss bearbetning och osmälta frön som ätits av änder har högre grobarhet. Arten uppges också bilda fröbank. Havsnajas är en ren brackvattenart. Den växer på en halv till en och en halv meters djup i lugna skyddade vikar – nästan alltid på mjuka, i regel syrefria bottnar av lös gyttja. Arten är typisk för så kallade flador, dvs. havsvikar under avsnörning där vattenutbytet är begränsat och uppvärmningen snabb. Den kan förekomma i stor mängd och ofta i anslutning till bestånd av rödsträfse och borststräfse (Chara tomentosa och C. aspera). Bland kärlväxterna är främst borstnate en vanlig följeart.

Mindre vanlig längs kusten (32% av kustrutorna och 24 lokaler).

Särskilt rika förekomster finns innanför Iggön och Eskön i Hille.