Borstnate är ursprunglig. Den anges som allmän i Gävletraktens växter 1848. Det är möjligt att arten ökat sedan dess på grund av ökade näringshalter i havet.

Borstnaten förekommer hos oss enbart i brackvatten och är kustvattnens vanligaste kärlväxt. Den växer från några decimeters djup ner till 2,5 meter (sällan djupare). Arten är näringskrävande och föroreningsgynnad. Den finns i de flesta av kustens vikar men framför allt på mjukbottnar i vikar under avsnörning, så kallade flador, där sedimentationen av organiskt material är påtaglig. Den bildar här stora bestånd med påväxt av fintrådiga alger. Borstnaten gynnas troligen av grävnings- och muddringsarbeten och finns ofta i mängd i småbåtshamnar. Enstaka bestånd påträffas på hårdbottnar i mer exponerade lägen i sund och grundområden. Arten förekommer också i små gölar och större hällkar på stränderna. Något enstaka fynd har även gjorts i en helt isolerad tjärn med troligen kalkrikt vatten nära havet.

De vanligaste följeväxterna är knoppslinga (32%), trådnate och ålnate.