Sumpfräne är i regel ettårig. Den sprids uteslutande med frön och är tämligen ljus- och närings-krävande. Arten är konkurrenssvag och behöver bar jord för att etablera sig. Sumpfränen är lerälskande men i näringsrika miljöer har underlaget mindre betydelse. Den kan växa på sand, grus, torv, dy, gungfly, flytande brädor, block och hällar. Den står oftast fuktigt eller vått i närheten av sjöar och vattendrag och sällan på ganska torr mark. Arten gynnas av omrörning och särskilt av grävskopor vid vatten. Det verkar sannolikt att den bildar fröbank. Många fynd har gjorts på avschaktade åkrar, muddermassor, dikesvallar, nyanlagda stränder, jordhögar och fyllnadsmassor. Även tramp och nötning är positivt och arten är typisk för söndertrampade leriga betesmarker. Sumpfräne förekommer också som ogräs i trädesåkrar och ohävdade trädgårdsland. Vid näringsrika sjöar växer arten i luckor i strandvassar eller i strandens skvalpzon på drift, sand eller uppstickande block. Några fynd har även gjorts vid havet på driftvall-ar och fågelgödslade hällar. Artens uppträdande liknar brunskärans.

Vanlig (66% och 266 noterade lokaler).