Vitstjälksmöja förekommer tämligen allmänt i havet, huvudsakligen på vattendjup omkring en eller ett par meter och både tämligen exponerat och mer skyddat. Oftast finner man bara enstaka och glest växande plantor. Den har också hittats på vattenstranden, växande ovan vattenlinjen, men då som små exemplar. Den kan blomma från sensommaren till hösten.