Sjöfräken är, som andra fräkenarter, en utpräglat perenn växt, som sprids med långa utlöpare och bildar stora kloner. Ingen nyetablering eller mycket liten klon har setts.

I vitsippans tid i början av maj ser man gråbruna skott på väg upp ur vattnet eller vitmossan. När de växer ut får de ofta kransar av korta eller långa ogrenade grenar. De betas av gäss och troligen av sångsvanar, så att stora bestånd i sjöar kan vara toppklippta, vanligen någon decimeter ovan vattenytan. Från stumpen skjuter nya skott, som är mycket smalare. På senhösten går skott som är över vattenytan över i brunt och vissnar. Vid vårflod i Voxnan kan man se drivor av grön sjöfräken på stranden, troligen delar av växten som frusit in i isen och rivits loss vid islossningen.

Sjöfräken var begärligt foder för kreaturen och skördades med lie, från båt eller gående på bottnen, fräken- eller färneslåtter. Den betades också direkt av kreatur som gick på strandbeten. På fastig­hetskartan ses skiftena som smala remsor från stranden ut i vattnet. Namnet finns även i Färnesmyran vid Långrösten i Ovanåker och utanför Hälsingland i Väster- och Österfärnebo. Sannolikt är det också fräken som åsyftas när man har givit namnet Fännsmyran (Fannsmyran, Fänsmyran) åt en våtmark (Hagåsen 2014). Sådana ligger ofta i närheten av jordbruksmark eller en sjö.

Sporaxen spricker upp och sprider sina gröna sporer i linneans tid, kring midsommar. Om toppen på skottet har kapats kan sporax utvecklas på de översta grenarna i stället, men de är då mycket mindre.