Fyrkantig johannesört är en av de mest uthålligt kvarstående kulturföljeslagarna i skogen. Den hittas ofta på platser där bebyggelse och odling har förekommit, men där andra spår av kultur är svaga. I detta avseende liknar den staggen, men den växer inte mest på gamla vägar och stigar utan snarare i lite högre vegetation. På Hammarbacken i Flästa i Arbrå fanns en odling som övergavs. I den skog som växte på platsen 70 år senare fanns fyrkantig johannesört och hundkäx kvar. På Brattbergsvallen i Hanebo, som övergavs omkring år 1900, och år 1993 var en granskog med skogsarter i fältskiktet, fanns följande kulturföljeslagare: grässtjärnblomma, rödklöver, fyrkantig johannesört, teveronika och prästkrage. Även på Gälsbovallen i Bollnäs, som övergavs före 1911, fanns arten 1988 tillsammans med smörblomma, brännässla, grässtjärnblomma, röllika och bockrot på hygget efter avverkning av den skog som hade kommit upp på vallen. Fyrkantig johannesört håller sig alltså kvar där den kommer in, men den kommer inte in på alla odlade marker. Den saknas till exempel på Bäckeskogsvallen i Ljusdal, trots att vallen har brukats sedan 1700-talet, liksom vid Korpåsen i Hassela. Den är en av de mest frekventa arterna på hävdad gräsmark, även på torrbacke, och är vanlig även på igenväxande gräsmark. Dess bundenhet till kulturmark är speciellt tydlig i de nordvästra församlingarna, där kulturmarkerna ligger glest spridda i vidsträckta skogar.
Fyrkantig johannesört har aldrig hittats på en plats där den har förefallit att vara spontan. Där den växer på strand är det mest i jordbrukslandskapet, fast udda fynd har gjorts vid Mellanljusnan. När den någon sällsynt gång påträffas på myr är det sannolikt alltid som ett minne från epoker då människor rörde sig där för myrslåtter och senare för timmerkörning. På havsstrand saknas arten.

936 lokaler i 45 församlingar.