Sköldmöjans vitblommiga kolonier brukar uppmärksammas under båtturer på högsommaren. Den tillhör våra vanligaste flytbladsväxter och finns från de rikare till de måttligt näringsfattiga sjöarna. I sjöar kan den bli mycket ymnig och bilda en bård, som avgränsar den yttersta flytbladsvegetationen (Torp Torpsjön). Idag är den även vanlig i båda älvarna; i rinnande vatten finns den däremot ofta bara i de större åarnas lugnpartier och då vanligen utan flytblad. Arten föredrar djupa, 1,5–4 meter, frostfria sediment- och moränbottnar, ibland i rätt utsatta lägen. Den saknas på dybotten i skogstjärnar och i de magraste klarvattensjöarna. Sköldmöja är kulturgynnad: den har ökat med eutrofieringen och uppdämningarna och är typisk och ibland ensam vattenväxt i uppdämda magasin. Den koloniserar där nakna bottnar genom sin förmåga att tåla sedimentpålagringen och den onaturliga regleringen av vattenståndet. I havet finns den bara vid älvmynningarna.