Bottnisk knappsäv anses anpassad till brackvatten och förekommer vid den inre kusten men också i sötvattenpåverkade havsvikar längre ut. Särskilt dominerande är den på stränder i Sundsvallsbukten. Den finns i älvarnas deltan men följer också älvarna långt uppströms, särskilt Ljungan, där den är vanligast i de centrala lerområdena i Stöde–Borgsjö men även noterad från älvsjöar i Haverö. Bottnisk knappsäv är funnen i vissa åar och närliggande sjöar, t.ex. i Njurunda, samt i en damm i Timrå. Rasen tycks vara mer näringskrävande än nordknappsäv och har troligen gynnats av älvdämningarnas utjämnade vattenstånd och näringsanrikning. Sannolikt var nordknappsäv vanligare längs dessa vattendrag före kraftverksutbyggnaden.