Prästkrage saknar naturliga ståndorter men har sedan gammalt följt odlingen i hela landskapet. Tidigare var den en av slåtterängarnas konstanta och mest frekventa växter. I ängsmiljö finns den idag kvar på hävdade, lågvuxna hackslåttkanter, naturbeten och backar och i skogsbryn, liksom på äldre, ogödslade gårdstun och i gräsmattor, då ofta vegetativ. Inte sällan ses den i gamla lägdkanter, t.ex. Liden Rigåsen. Prästkragen växer torrt och soligt och har små näringskrav. Den kan finnas kvar länge på övergiven kulturmark och kan ibland ses mellan granar på en igenväxande fäbod. Här och var finns den spridd till kulturnära – ofta tidigare betad – skog, i gläntor och på stigkanter. Den är även sedd vid en avlägsen skogskoja i Torp, troligen spridd med hö.
Idag ser man dock oftast prästkragen på magrare vägslänter, där den kan växa i stor mängd, särskilt i moränområden; den sprids också längs skogsbilvägar. Den är vanlig i grustäkter och på annan blottad mineraljord i kulturområden, som utfyllnader, grävningar m.m. Prästkragen finns även längs banvallar och på rörda stränder, t.ex. sandiga badplatser.