Stensöta ska man söka i skuggig, bergig skogsmark. Den växer framför allt rotad i humuslagret på ovansidan eller i kanten av block, men även på vertikala klippväggar kan dess jordstammar slingra i springor. I kustområdet och i dalgångarna finns den regelbundet på större solitärblock och stenansamlingar – skravel. Utbredda bestånd av arten förekommer regelbundet i rasmarken under våra sydberg.
Stensötan tunnar ut i norr och väster och blir där inskränkt till bergsbranter och klippor, men finns där även när dessa är nordvända. Däremot har den i klimatiskt gynnade områden i sydöst – t.ex. i Njurunda Juni – setts växa även på slät skogsmark, på det sätt den uppträder i Mellansverige. Vid kusten kan man se den även på öppen kulturmark, t.ex. på hällar, stenmurar eller odlingsrösen; i havsbandet kan den förekomma i sprickbildningar högt upp på klippor.