Baltisk vattenmåra växer i gles vegetation på exponerade stränder framförallt vid den yttre, saltare kusten. Den hittas i mellersta strandzonen på blockiga, grusiga eller ibland klippiga stränder, där den bildar stora – ofta rödanlupna – tuvor. Den står relativt torrt och öppet, ofta ensam eller i gles vegetation mellan stenar eller tillsammans med tuvor av kråkvicker Vicia cracca, strandglim Silene uniflora och strandråg Leymus arenarius.