Kärrdunört är vår vanligaste dunört på fuktig mark. Den är anspråkslös beträffande näring och pH men kräver ordentlig markblöta; den står ofta i skugga och i inte alltför tät vegetation. I vattenrika, bottenlösa kråkklöverkärr och i små tidvis uttorkade skogskärr hör den hemma, likaså i sumpskog, särskilt under björk och vide, gärna i vattenhållande vitmossa. Så ser man den i myrkanter medan den på öppna myrytor mest kommer in i blöta högstarrsamhällena och vid myrutlopp eller myrbäckar. Den finns också i små fattiga backkärr. Den växer även i sanka, tuviga strandkärr längs lugnsträckor av åar och bäckar, och i gungfly vid tjärnkanter, på strandängar och andra sanka sjöstränder. Vid kallkällor i inlandet växer kärrdunört tillsammans med de källspecialiserade dunörterna; vid kusten är den enda dunörtsart i källmiljön.
På odlingsmark är den särskilt påtaglig i näringsfattiga områden – den kan finnas i massbestånd på försumpade gamla myrodlingar, i sumphål mellan odlingsfält och i blöta åkerdiken, även under slyuppslag. Dessutom är den vanlig i blöta körspår och gropar på hyggen, i nygjorda skogs- och vägdiken liksom i blöta jordtäkter och schaktningar.