Kärrsälting har sina naturliga förekomster på stränder och i rikmyrar. Vid havet finns den i blöta, sötvattenpåverkade strandängar och strandkärr i artrika miljöer. På inlandsstränder växer den i lågvuxen, ängsartad vegetation, längs rikare sträckor av åarna och älvarna, samt på vissa sjöstränder. Ofta är den då bunden till källvattenutflöden eller bäckutlopp. Kärrsälting är tydligt kalkgynnad. På myrar är den inskränkt till rikkärr, där den växer i fasta höljor och i tuvkanter. Kärrsältingen har också spelat en stor roll på kulturmark, där den tillhör den lågvuxna fuktängens växtsamhälle.
Numera är arten på stark tillbakagång genom slåtterns upphörande och ökad kväveanrikning (jämför Collinders frekvensuppgift med de aktuella uppgifterna). Ibland hittar man den ännu i lågvuxna ängsrester, som i hävdade diken, översilade kanter, fina naturbeten och ängsreservat. I kalktrakter ses den ibland nyetablerad i källvattendiken vid skogsbilvägar eller i kärrvägar och traktorspår i skogsmark. Någon gång har den setts etablera massbestånd på fuktig svämjord i rikbäckar.