Ålnate är ett vanligt och välbekant ”sjögräs” i de flesta sjöar och större vattendrag i landskapet. Dessutom finns den längs hela kusten. Arten saknas bara på dybottnar i skogstjärnarna och går heller inte in i mindre åar och småvatten med varierande vattenstånd. Oftast växer den på rätt stora djup – ända ner till fyra meter – på fasta mineralbottnar med sten, grus eller sand, men den kan också finnas som småvuxna ungskott helt nära stranden på sediment. Ålnaten tål att växa på bottnar som är under påverkan, t.ex. sedimentomlagringar i deltan, och bottnar som är starkt svallade av erosion eller vågrörelse. På sådana ställen uppträder den ofta som enda vattenväxt. Den är mycket vanlig i älvarnas mynningsområden och i Sundsvallsbukten och återfinns även i havsvikar och sund längre ut.