Sjöfräken är en av de mest dominerande strandväxterna vid sötvatten. Den växer både på näringsrika och mer näringsfattiga stränder och saknas egentligen bara i djupa myrgölar. Vid skogssjöar är den också mycket sparsam på dybottnar och på svallade stränder med grovt material. Som strandväxt bildar den ofta det yttersta bältet av den vegetation som sticker upp ovan vattenytan. Tätast och bredast blir dessa sjöfräkenbälten i lugna vikar, särskilt om det finns utlopp från en bäck eller å. Även i lite näringsrikare tjärnar blir bestånden kraftiga – det var här man bedrev färneslåtter.
Arten tål vattenståndsväxlingar bättre än vass Phragmites australis och säv Schoenoplectus lacustris och finns därför vid större vattendrag, där dessa arter ofta saknas. I Ljungans vattensystem bildar sjöfräken stora bälten – t.ex. i avor och vikar i Haverö. I större skogsbäckar kan den ibland uppträda i lugna höljor. Förutom på stränder växer sjöfräken också regelbundet på myrar, både rika och fattiga. Där står den glest i öppna, fuktigare fast- och mjukmattor men även i vattenfyllda flarkar. Ibland kan man se den växa till synes mycket torrt, t.ex. på tuvor i rikkärr, men rotsystemet når ändå djupt ner i myrvattnet.
Sjöfräken som strandväxt är vanligen grenig, medan den form som växer i myrar oftast saknar grenar. Formerna anses sakna taxonomisk betydelse.