Notblomster betraktas som en karaktärsart för näringsfattiga klarvattensjöar – ”lobeliasjöar”. Hos oss förekommer notblomster så, i oligotrofa skogssjöar, men väl så ofta i medelrika sjöar; västerut finns den dessutom även i större vattendrag. Arten är vanligast på relativt djupt vatten, inte sällan på öppna, vågutsatta stränder i större sjöar. De omisskännliga styva bladrosetterna växer gärna på mineralbotten mellan stenar. Den kan på sådana platser bilda mattor, ensam eller tillsammans med styvt braxengräs Isoëtes lacustris, från några decimeters till ett par meters djup, t.ex. i Stor-Sundsjön i Indal.
Mer sällan kommer de ”blyga” blomstänglarna upp mellan glesa vasstrån Phragmites australis eller sjöfräken Equisetum fluviatile. Någon gång ser man massblomning, t.ex. bildade arten 1990 en blommande bård runt Liden Stensjön. Notblomster har även setts i Ljungans älvsjöar och vikar, t.o.m. i så eutrof miljö som vid inloppet till Marmen. I väster finns den också i skogsåar, i breda selsträckor på fast botten, som i Haverö Hortesån och Torp Getterån. Notblomster saknas däremot på dybotten i fattiga skogstjärnar och finns heller inte i näringsrika sjöar med dåligt siktdjup.