Hjortron tillhör, trots sin eftertraktade frukt, de mest anspråkslösa myrväxterna. Hjortron förekommer också mest på de artfattigaste och magraste myrarna. Arten är tvåbyggare och klonbildande, och fält av enbart hanblommor – som ej ger frukt – kan dominera. Hjortron hör hemma i mossevegetation på fastmattor. På öppna fattigmyrar växer det i kantzonen, i mosaikartade partier ute på mosseplan och på enskilda tuvor. I mindre utsträckning finner man det i kärrplan med tät vitmossa, t.ex. på större floar i norr. Arten finns typiskt också i allehanda tallbevuxna rismyrar tillsammans med t.ex. dvärgbjörk Betula nana, ljung Calluna vulgaris och tuvull Eriophorum vaginatum. I intermediära, zonerade kärr ses den ofta bara på strängarna. I rikkärr finns den på tuvor av rostvitmossa Sphagnum fuscum. Ymnigast och mest storvuxet blir hjortron i myrarnas skogklädda kanter och i myrrån, d.v.s. myrhalsar och andra blöta och näringsfattiga tall- och gransumpskogar på torvmark. Det kan dessutom finnas i vitmossklädda hällkar i hällmarkstallskog nära kusten. – Hjortron är inte kulturgynnat men kan kolonisera naken torv, som i myrdiken, täkter och körspår. Någon gång ses det även ”klättra upp” i grusiga vägkanter som på en väg över en myr vid Trögtjärnåsen i Borgsjö.
Hjortron blommar tidigast ute på myrplanen, men fruktsättningen där slår ofta fel på grund av frost, medan de sent blommande i skogskanterna klarar sig bättre och ger frukt.