Brunört är en mycket vanlig art i många näringsrika gräsytor. Särskilt typisk är den i trampade, blöta betesmarker i dalgångarnas sedimentjordar, tidigare vanligen lägdor, idag ofta hästbeten. Den är mycket vanlig också i gödslade gräsmattor, helst i störda fläckar, på fuktiga gångstigar, körvägar och parkeringsytor liksom i många andra moderna miljöer som fotbollsplaner, golfbanor, kring hyreshus o.s.v. Den växer gärna på kulturpåverkade stränder, t.ex. kring badplatser, strandutfyllnader, strandbeten och kulturbäckar. Arten är rätt konkurrenssvag och saknas i täta grässvålar men etablerar sig snabbt i bara fläckar. Däremot är den en vanlig pionjär i nya diken, grus- och jordtäkter, på utfyllnadsjord o.dyl. Ibland växer den torrare, i öppen grusjord längs skogsbilvägar, på vändplaner och parkeringsytor.
Brunörten har sina naturliga ståndorter på stränder och fuktiga svackor som vid skogsbäckar och åar, särskilt i forspartier. Den kan växa i naket grus mellan stenar eller på tunt jordlager på hällar. Den är noterad från moränstrand vid Ljungan, t.ex. vid Stödesjön, och på havsstrand bl.a. norr om Lörudden i Njurunda. Den är även sedd på skogssjöstränder, t.ex. på sand vid Skallsjön i Torp. Andra naturliga ståndorter kan vara erosionsyta i en ravin som i Liden Nilsböle och strandnära alskog i Indal.