Johannesört har sitt namn lånat av en europeisk tradition om midsommarhelgonet, Sankt Johannes. Hos oss blommar fyrkantig johannesört långt senare på sommaren och skiljer då ut sig bland gula fibblor. I första hand hittar man fyrkantig johannesört i fläckvisa kloner ute i gamla lägdor. Även på mycket avlägsna skogsodlingar ser man den i långt igenväxta vallar, ibland t.o.m. inne i uppkommen unggranskog. Arten ger intryck av att ha inkommit med frövara eller hötransport. Den tillhör dock inte de kända vallfröinkomlingarna och betraktades som allmän redan av Collinder (1909). Fyrkantig johannesört växer också i örtrika, torra vägkanter, åkerrenar, brinkar, även ibland steril i lövsly. Den kan ses nära gårdshusen och kanske var den t.o.m. odlad i äldre tid, men tradition om dess bruk saknas. Arten föredrar näringsrika miljöer men förekommer såväl i sura som basiska områden.
Fyrkantig johannesört har ingen säker plats i naturlig vegetation, men några gånger är den funnen i örtrika miljöer längs vattendrag i kalktrakter, även långt från odling, som vid Täljeån vid inloppet till Nedertjärn och vid en bäck öster om E14 vid Jämtkrogen i Borgsjö. Även på Brämön i Njurunda är den sedd i naturlig vegetation, som vid Tångviksbäcken. Den tycks på dessa lokaler vara etablerad men är nog ändå sekundärspridd från odling eller med hötransporter. Arten har på sina håll brett ut sig vid hävdens upphörande, men å andra sidan minskar den med odlingsmarkens krympning. Den tycks vara klimatiskt begränsad i högre områden, i norr och väster, men den tunnar ut även vid kusten.