Spindelblomster är ursprunglig. Den spensliga och skuggälskande orkidén förekommer i två helt skilda miljöer. Utmed kusten växer den huvudsakligen i torra tallskogar med glest fältskikt och slutet bottenskikt av mossor. Arten tycks ganska snabbt ha etablerat sig i tallskogar som planterades på flygsand under 1800-talet (Theorin 1865, Ahlfvengren 1924). I det inre av landskapet växer spindelblomster i skuggiga och vitmossdominerade skogskärr i både barr- och lövskog samt i gransumpskogar. Särskilt rikligt kan den uppträda nära fastmarkskanterna i kärr som genomsilas av framträngande grundvatten.

Åtminstone i kärr- och sumpskogsbiotoper är arten känslig för ändrade fuktighetsförhållanden. Den klarar inte dikning och kalhuggning.

Spindelblomstret har ökat i landskapets södra och mellersta delar under 1900-talet, troligen på grund av den kraftigt ökade skogsarealen (jämför korallrot Corallorhiza trifida).