Strandpryl är ursprunglig. Den växer oftast i mattliknande bestånd på flacka, ibland något dytäckta sand-, grus- och stenstränder vid näringsfattiga sjöar, i grunda sötvattenssamlingar vid havet och i strömmande vatten. Den förekommer dels på periodiskt översvämmade landstränder, dels på bottnar ner till drygt en meters djup om vattnet är riktigt klart.