Kärrfräken är ursprunglig men kulturgynnad. Den växer i flera olika biotoper - kärr, både näringsfattiga och näringsrika, men gärna med en viss översilning, mader och åstränder, slåtter och/eller beteshävdade fuktängar, märgelgravskanter och andra lertäkter samt leriga åker- och vägrenar.