Bäckveronika är ursprunglig men kulturgynnad. Den bildar ofta täta bestånd i rinnande, näringsrikt vatten, särskilt i källor och källfloden men också i bäckar och diken med utströmmande grundvatten. Ibland finner man den även i alkärr, näringsrika gölar och kärrpölar samt märgelhålor.

Arten har ökat under de senaste årtiondena.