Gropnate är ursprunglig men mycket kulturgynnad. Den förekommer sparsamt i en del sjöar och åar med måttligt näringsrikt eller näringsfattigt vatten. De vanligaste växtplatserna är emellertid kulturbiotoper som märgelhålor och näringsrika dammar, gölar och diken. I dessa miljöer bildar de mycket smalbladiga skotten, som är rotade i bottendyn, ofta täta mattor på och strax under vattenytan.