Myskmåra är en växt som är väl anpassad till Medelpads växlande topografi med raviner och bergsbranter, och den har också en förhållandevis rik förekomst i landskapet. Arten tillhör de fordrande lundväxterna, kräver hög luftfuktighet och växer ofta i stark skugga. Vanligen hittar man den i små bestånd, i risiga snår, mellan block eller på små öppna jordblottor, helst på väldränerad mark. Den förekommer mest längs Indalsälven, där den ”klänger” i kanter av större älvraviner och bäckutlopp, men även i lövskogsklädda brinkar – krångar – ned mot älven. Den är också funnen i mer trivial blandskog på morän, men då i skuggigt, brant läge i nordsluttningen vid älvens sydvästra sida (Liden Sundsjöåsreservatet). En annan viktig biotop är större sydbergsbranter, där den växer vid bergroten i artrik miljö, ofta på bar jord intill fuktstråk. Den är inte kalkgynnad och finns lika gärna i sura berg, som Storberget i Liden. I kvisslor förekommer den vid Ljungan, t.ex. vid Lindön i Borgsjö och i örtrik alskog på öar i Indalsälvens delta. Arten torkar lätt ut och försvinner i hyggesfas.