Vårtbjörk växer på torrare, mer väldränerad och ofta näringsfattigare mark än glasbjörk. Den växer gärna i blockig moränmark och i bergsbranter, t.ex. i sydbergen. Som inslag i barrskogen ser man den inblandad i granskogssluttningar och i ljusa lingontallskogar. I ungskogsfas kan den dominera på bergiga hyggen och på sandig–grusig mark. Enstaka träd lever sedan kvar i äldre gran- och tallskogar och kan då bli upp till ett par hundra år gamla. Vårtbjörken finns också regelbundet t.ex. på tallskogsuddar vid skogssjöar, i älvbrinkar och på moränåsar i dalgångarna. Den är också vanlig i kulturnära blandskog, i skogsbryn och beteshagar.
Vårtbjörken är uppskattad som odlingsträd, i alléer och björklundar. Särskilt hängbjörksformer ses ofta på äldre gårdstun, de mer utpräglade sannolikt ofta inköpta från plantskolor. Enstaka björkar sparades också på gammal hackslåttmark.