Rostnaten hör framförallt hemma i skogsområdenas vattendrag, åar och större bäckar. Där ser man regelbundet den roströda naten skymta i en djup hölja i ett lugnparti eller av strömmen nedtryckt mot botten. Den förekommer mer sporadiskt i rinnande vatten på kulturmark, särskilt i näringsfattiga trakter. Rostnaten finns också i sjöar och tjärnar, både oligotrofa och rikare, men då nästan alltid i eller utanför mynningen av en bäck. På grunda ställen och i lugna vikar kan den ibland nå ytan och utbilda flytbladsmattor, som liknar bestånd av småvuxen gäddnate.