Bottnisk agnsäv är en nordlig varietet av agnsäv som hos oss förekommer regelbundet längs havsstranden. Den hör främst hemma i saltvattenpåverkade vikar, men finns även på mer exponerade delar. Den växer på strandens nedre del och förekommer på moränstränder med ackumulerade sediment, men också på rena sedimentstränder. Oftast står den nära vattenbrynet i rätt glesa bestånd, men den kan bli ymnig och bilda fält på långgrunda stränder. Bottnisk agnsäv växer något torrare än bottnisk knappsäv E. palustris var. lindbergii, och t.ex. vid Alnö Stornäset förekommer den i ett bälte strax ovan bältet av högvuxen bottnisk knappsäv. Bottnisk agnsäv uppträder någon gång även i klippskrevor och hällkar.