Gäddnaten är en av våra vanligaste vattenväxter, bl.a. tack vare sin förmåga att kunna växa på förnarika dybottnar i skogsvatten. Särskilt påtaglig är den i mindre sjöar och lite näringsrikare skogstjärnar, där den kan täcka en stor del av sjöytan. I lugna tjärnar är den ofta rotad på 2–3 meters djup och bildar vanligen den yttersta bården av flytbladsväxter. I större öppna sjöar brukar den vara begränsad till skyddade vikar och sund. Däremot kan den breda ut sig över stora arealer i starkt eutrofierade sjöar med mycket onedbrutet organiskt material som Skrängstasjön i Njurunda. I rinnande vatten saknas arten vanligen, men den kan finnas i lugna vikar av uppdämda älvsträckor med konstant vattenstånd. Den kan också ses i gungflykantade myrgölar och t.o.m. i små vattenfyllda flarkar ute på större myrar.
Gäddnaten är känslig för vattenståndsväxlingar och har ofta försvunnit i reglerade sjöar som tappas under vintern.