Vattenbläddra växer nästan alltid i öppet vatten och är sällsynt som myrväxt. Den trivs bäst i näringsrika, stillastående vattensamlingar. Där hittar man dess karaktäristiska blåsklädda, fritt kringflytande, omfångsrika härvor. Den kan vara ymnig i näringsrika sjövikar och tjärnar vid kusten och i dalgångarna. Ofta blir den storvuxen i gödselpåverkade/förorenade vatten, t.ex. Skön Gärdetjärn. Den finns även i avsnörda lugnvatten i skogssjöar – t.o.m. så näringsfattigt som i Liden Vallsjöarna – och vid vitmosskantade skogs- och myrtjärnar som Holm Kväcklingsmyra. Vattenbläddran hör också hemma i åarnas selsträckor tillsammans med t.ex. hårslinga Myriophyllum alterniflorum och igelknopp Sparganium emersum, liksom i älvarnas sjöar, vikar och bakvatten. Vid kusten finns den någon gång i mindre vattensamlingar på myr som i Njurunda Stenviksmyra och Tynderö Bärängskärret. Arten är endast sällsynt funnen blommande, då i grunda, kustnära vatten. Den sprids sannolikt framförallt vegetativt, troligen främst med andfåglar, så också till fiskdammar och andra småvatten.