Besksöta växer på kväverika lokaler, särskilt ofta på organiskt material under nedbrytning. Den förekommer naturligt på havsstränder, där den vanligen återfinns på multnande driftvallar, framför eller i albården. Den slingrar sig på glesbevuxna ytor bland block, driftvirke och uppspolade växtdelar. Inte sällan uppträder den på rätt exponerade stränder, som på de yttre skären sydost om Alnön, men den finns även i mer skyddade vikar. Dessutom förekommer besksöta i naturlig strandvegetation i sydöstra delen av landskapet (Njurunda, Tuna, Attmar och Selånger), där den kan ses vid näringsrika åar och större bäckar. Ofta växer den mellan stenar i strömeller forspartier och i gråalbestånd. Den finns även i deltamiljö i Selånger och i älvnära alkärr i Tuna.
Många av besksötans lokaler är dock kulturskapade – arten är typisk på avfallshögar, komposter, sop- och barktippar, ofta på gamla och mer eller mindre nedmultnade sådana. Den finns även vid ladugårdar och ibland vid gödselstackar. I stadsmiljö i Sundsvall dyker besksötan ofta upp i häckar, där den får fäste och skydd.
Besksötan var tidigare vanlig i odling som prydnadsväxt, både i tätorter och vid förstukvistar på landet. Många av dess vilda förekomster idag är sannolikt sekundärspridda, genom utkast eller med bär. Möjligen har även många naturliga lokaler, t.ex. i yttre havsbandet, sitt ursprung i fågelspridning.