I mörka bergsskrevor eller i taket av överhängande klippor finner man ofta stenbräken som enda kärlväxt. Arten är skuggtåligare än de flesta, men särskilt i kustnära områden kan man även se den växa solexponerat i kanten av mosstuvor på hällar i bergsbranter och klippor. Den har sannolikt en förkärlek till mer basiska mineral men finns även i sura branter t.ex. längs Indalsälven.
Stenbräken förekommer också på stenskravel vid bäckar och i rasmarker. Den kan då växa i mosstäcke uppe på stenar i bäcken som vid Glappsjöbäcken i Torp. Den kan också vara rotad i jord, t.ex. vid eroderade strandbrinkar vid åar och på jordblottor i ravinkanter. Ibland ser man den på rotvältor i fuktig skog. Vid kusten är den inte heller främmande för kulturmarkens stenmurar och odlingsrösen. I väster och norr blir arten däremot mer inskränkt till lägen med hög luftfuktighet, främst i berg och vid vattendrag.