Sin största betydelse i vegetationen har madrör på strandängar, särskilt vid havsstranden. Där hör det till de tongivande gräsen, ofta tillsammans med krypven Agrostis stolonifera, som står något längre ner på stranden. Det föredrar utsötat vatten och är vanligt kring älvarnas utlopp. I den yttre kusten växer det framförallt i närhet av bäckutlopp. Madrör finns även i inlandet på stränder som står under vatten på våren. Helst växer madrör på mineralrik, fin jord, men arten är konkurrenssvag och är vid havet beroende av översköljning och tillgång till ”nytt land” för att nyetablera sig. Madrör kan också dyka upp i fuktiga diken, utflytande bäckar och vid deltabildningar. Ibland ses arten i små bestånd i myrar, vanligen i blötare partier, t.ex. myrhalsar. Arten uppvisar hos oss en tydlig preferens för rikare områden men är inte påtagligt kalkgynnad och saknas t.ex. vanligen i rikkärren i Borgsjö.