Toppdån är vår vanligaste dånart och den av dånarterna som oftast förekommer i naturliga växtsamhällen utanför kulturlandskapet. Vanligast är den ändå som ogräs i odlingar, mest då i åkrar och större odlingsfält, mer sällan i trädgårdar. Den tycks föredra mager, sur mark och blir särskilt ymnig på torvjord. Arten dyker även upp på utfyllnadsjord, uppkastad jord i vägkanter, grusgropar och jordhögar. Naturligt förekommer toppdån regelbundet i sydbergen, där den växer på torra hyllor i branter och i rasmarken, och i andra magra skogsberg, t.ex. på brandutarmade hällmarkssluttningar mot söder med gles barrskog. Ibland ser man den uppe på stora block. Den kommer också lätt in på hyggen i varma lägen, åtminstone i öster och längs älvdalarna; gärna i markberedningsgropar, körskador eller bland ris. Vid kusten finns den också bland stenar, rotvältor och rat kring avverkade bäckar. Den finns även på näringsrika driftvallar och fågelskär vid havet.