Trots namnet står mossviol sällan i mossa! I stället hör den nära samman med våra gråalskogar. Den följer albårderna längs vattendragen och rikare sjöstränder och återfinns en bit från vattnet under träd och buskar. Arten är mer krävande än den närstående kärrviolen V. palustris och växer också skuggigare och ofta torrare än denna. Den finns i dalgångarnas lövlundar och i ravinlandskapets al- och blandskogar; i öster är den typisk för, i sediment nedskurna bäckdalar. Den är vanlig i artrika lövsumpskogar och åtminstone i kalktrakter även i gransumpskog. I rikområden finns den i myrkanter och på tuvor i rikkärr. Förekomster i myr är vanligare i väster, och den finns där även på mindre rika myrytor och kan växa mer öppet. Över huvud taget får arten mot väster en vidare ekologi och kan påträffas även på kulturmark.