Ögonpyrolans väldoftande – men bortvända – blommor är en säker indikator på rikare skogsmark. Den typiska miljön i hela landskapet är äldre, gärna tät och skuggig granskog med rörligt vatten i marken. Där återfinns den i fuktstråkens torrare kantzon, ofta i örtrik miljö. Den växer också på fast mark intill källor och källbäckar i bergssluttningar.
Arten tilltar i kalkområden och förekommer då på både torrare och blötare mark. I Borgsjö kan den t.o.m. påträffas i tallskog på morän men även finnas i rikkärrens kanter, t.ex. Borgsjö Kontmyran, eller i kalkrika små sluttningskärr. Vid kusten och i de nedre dalgångarna växer den ibland även i ganska torr brunjordsskog och i lövlundar under sydberg. I rika sumpskogar, gärna alkärr, hittar man den främst i randzoner, så är den funnen även i en så kalkfattig trakt som vid Andersjön i Ljustorp. Vid havet kan man också se den i örtrika albårder, som på Granön i Tynderö. Ögonpyrolan går aldrig utanför skogsgränsen men kan kolonisera stigkanter och andra störda ytor i skogen. Den försvinner vanligen på hyggen.