Fjälldunört är den dunört man oftast träffar på vid kallkällor i skogsområdena, inte sällan som enda representant för släktet eller tillsammans med kärrdunört E. palustre. I sluten skog är den specialiserad till mossmattan kring öppna källor och källbäckar. Den tycks kräva ett kontinuerligt grundvattenflöde men finns även i sura, mineralfattiga områden både i norr och i söder, t.ex. södra Attmar. I myrar kan den ses mer ljusöppet vid källutflöden, ibland på de kupolformade mossformationer som utvecklats runt källan. Mer sällan är den funnen i starkt översilad granskog. Någon gång står den på mineraljord i sipperyta vid stränder.
Fjälldunört blommar rikligare i ljusa lägen, och efter avverkning kan man ibland se den vindspridd till fuktiga hjulspår och planteringsgropar, då ofta i rätt stora bestånd. På hyggena kan den även ses växa rätt torrt, men dessa förekomster är säkert tillfälliga. Ofta etablerar den sig i skogsbilvägarnas skärningar i sluttningar med grundvatten. Den är något kulturgynnad och är inte ovanlig invid gamla vattentäkter på skogsodlingar, vid fäbodar och i diken med källvatten.