I en källa eller källbäck övervintrar bäckbräsman som skott med blad och rötter liknande dem som den har under sommaren, men skotten är kortare och bladen sitter tätare och är mindre, somliga bara som bladanlag. Skotten är inbäddade i annan vegetation, av mossor och andra kärlväxter, men ändå gröna. De krypande gröna stammarna är så sköra att de är svåra att lösgöra utan att de bryts. I gropar med stillastående vatten kan lite större bladrosetter utvecklas, som också övervintrar gröna.
Bäckbräsman blommar från skogsstjärnans till linneans tid. Blomningens effektivitet är ofta nedsatt genom angrepp av bräsmagallmygga, Dasineura cardaminis. Den förvandlar blomman och fruktanlaget till en rund gall, som saknar frön men innehåller myggans röda larver. Arten kan komma upp i en rotvältegrop nära en källa, möjligen från frö, annars från blad- eller stamfragment.