Gyttrad igelknopp är ganska ovanlig, förekommer i liten mängd och dyker upp i grunt vatten i många typer av våta miljöer. Det finns få anteckningar om dess egenheter. När det länge under för- och högsommaren 1987 var högt vatten i Ljusnan utvecklade den vid Varpens strand flytblad, tillsammans med ordinära uppstående blad. I en blocksänka i Los sågs den selektivt betad av älg. Dess lokaler beskrivs av inventerarna som bäck, strand vid större vatten, dike eller grop i åker, å, vät, göl eller myrtag, skogskärr, vägdike, dike i myr eller skog. Gemensamt för lokalerna är att de är våta och att vattnet är måttligt strömmande eller stillastående. Ungefär 40 % av lokalerna är i bäckmiljöer i skog. Arten tycks tolerera stora variationer i vattennivå. Den är, näst efter blåsstarr, den vanligaste av de arter som växer i vätar – vattensamlingar i skog som styrs av grundvattennivån och alltså har ett kraftigt men långsamt varierande vattenstånd.