På en industritomt i Sibo, Hanebo, lagrade man bärgat sjunkvirke från Ljusnan, stammar som hade sjunkit till älvbottnen under de tider då man flottade virke på älven. På denna tomt, som låg långt ifrån älven, i en skogskant, växte vattenpilört, troligen från frö som kommit med sjunkvirket. När arten ses på land är det annars vanligen i kontakt med större bestånd i ett angränsande vatten.
Vattenpilört växer huvudsakligen i ganska djupt vatten, liksom gäddnate och gul näckros, och bildar där täta bestånd, ofta utan inblandning av andra arter. Som andra flytbladsväxter följer den växlingarna i vattennivå och kan alltså lätt anpassa sig till korttidsreglering, om amplituden är måttlig, till exempel några decimeter. Där bestånden är täta skjuter den ibland upp bladiga stammar ovan vattenytan, något som annars är dess växtsätt på land. Bladen är ofta svårt insektsangripna, men oskadade blad kan bevara sin grönska in i lärkarnas tid.
Bestånden på land blommar sällan, men i vatten bildar vattenpilört mängder av rosa blommor. Den blommar huvudsakligen i linneans eller mjölkens tid, men kan ses blomma ännu i lingonens tid. Blommorna besöks av humlor.